C'est peut être effectivement le manche qui est trop plat ou trop bombé. Sur une guitare neuve qui n'a pas eu le temps de se stabiliser, et si vous avez changer de jeux de cordes pour un tirant moins élevé, cela peut arriver. C'est peut être aussi une frette qui s'est soulevée, dans ce cas un aplannissage est nécessaire, ou limer légèrement la frette en question là ou cela frise après l'avoir enfoncé ou démonté pour la repositionné correctement.
Quant au réglage de hauteur de corde, il se joue sur 3 niveaux: la courbure de manche (truss rod) , la hauteur au sillet par rapport à la 1ère frette, et la hauteur au chevalet (réglage verticale des pontets) repéré à la 12ème case ou 17ème case selon la manière de régler. Enfin pour finir, il faut régler la justesse du diapason (réglage horizontal des pontets) et cela à la 12ème case avec un accordeur.
Quand le réglage de hauteur de cordes n'est pas possible sans faire friser les cordes sur les frettes à moins de 5 mm (2,6 à 4,5mm) au niveau de la corde mi grave à la 17ème frette, et que la courbure est bonne, il y a un problème au niveau des frettes ou de la touche.
Tout cela prend du temps, et selon le cas on passe d'un simple réglage a une réparation, ou travaux de lutherie.
Au sujet du truss rod: à manier avec précaution

pas comme un bourrin, ni comme le bricolo du dimmanche si vous n'avez pas les outils adéquat

, Au pire, vous pouvez soit décollé la touche ou la fendre, soit détruire le filtage, soit détruire l'empreinte de l'écrou du truss rod (clef à LEN, ou écrou hexagonal externe au niveau de la tête ou en bas du manche selon le cas), au moins pire, c'est moin bien après qu'avant
Si vous n'avez pas les clefs d'origines, certaines sont au pas métrique, d'autres en pouces selon l'origine de la guitare.